| RIVPACS | IBI | |
| 河道分类标准 | 河流大小，地形条件，基质颗粒尺寸，水化学因子等 | 地质，河流大小，水温，海拔等 |
| 参照河段 | 没有很严重的污染，且一般只考虑化学性污染 | 没有人类活动的影响或人类活动的影响很小 |
| 模型构建原理 | 建立环境因子和河道物种间的多变量关系 | 以经验为主，绘制生物物种对人类活动的响应曲线 |
| 评价标准 | 观测到的生物组成与模型预测的生物组成进行对比 | 种类丰富度、相对丰度、种群组成等。 |
| 取样对象 | 底栖无脊椎动物，没有纳入稀有物种 | 底栖无脊椎动物、鱼，藻类，可以纳入稀有物种 |
| 通用性 | 需要大量的观测点，且不同区域需建立不同的模型 | 一般15到20个取样点就可以代表 |